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基因测序技术出现后是不是老的生物分类有很多都被推翻了?

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日报标题:「终于测出来啦,这物种和说好的果然都不一样……」

Fillgtaw

测序有风险,分类须谨慎。不管怎么说吧,如果毫无形态学和古生物学证据的支撑,那么看起来特别奇葩的分子学结果只能说明:分错了……但是如果结果对上了呢?那当然是非常激动人心啦!

两个很经典的例子吧。故事的模式都是一样的:①“看着像这个,但又有点儿不像”→②“测出来果然不一样啊!但是未免也太不着边了吧!”→③“终于测出来对的啦,果然,跟①和②说好的都不一样呢……”

1。“黏体动物”【它究竟是什么呢?①原生动物(“孢子虫”Apicomplexa,现在叫“顶复门”,eg.被青蒿素治得很惨的疟原虫和让宠物猫背了黑锅的弓形虫,不再放在动物界中,跟其他各种“奇怪的东西”划在一起组成“囊泡虫总门”Alveolata) or ②两侧动物(eg.涡虫猫咪及其奴隶) or ③刺胞动物(eg.水母)???以下维基之:黏体动物 - Wikiwand

黏体动物最初被认为是一类原生动物,并被分类在孢子虫纲中。由于它们在 18S 核糖体 DNA 测序中有独特的特性,故它们被重置到后生动物。不过后来却发现了一些矛盾的证据而影响了其分类:虽然 18S 核糖体显示它们接近刺胞动物门,但其他的搜集到的核糖体 DNA 及 Hox 基因却指向与两侧对称动物相似。后来发现长 2 毫米的 Buddenbrockia plumatellae 原来也是黏体动物,加强了两侧对称动物分类的说法,因为这种动物的身体构造表面上接近。无论如何,仔细的检测发现 Buddenbrockia 并非在纵面上两侧对称,而是四侧对称的,故对此说法仍存有怀疑。进一步的研究搜集了 Cristatella mucedo【一种外肛动物(苔藓动物),总之跟白斑狗鱼一样是两侧对称动物】的前三个 Hox 基因及白斑狗鱼的第四 Hox 基因,并解释了黏体动物分类的矛盾。原来最初的实验是采用了受寄主污染的组织,导致了两侧对称动物的误测。后来小心复制了 Buddenbrockia 的 50 个编码基因,显示它们是非常进化的刺胞动物门成员,而“水母亚门”(Medusozoa) 是其最近亲。【虽然人们早就发现黏体动物的极囊与刺胞动物门的刺细胞有相似的地方,但却一直被当成是趋同演化的成果。[注意:这句话中文版维基译错了……原文去看英文版] 分类学家现已确认放射孢子小群其实只是粘孢子虫的其中一个生长阶段。

图:维基百科

脑粘体虫 Myxobolus cerebralis(三角孢子虫期)【听说右上角那个就是极囊

2。“异涡虫”【①扁形动物门(eg.涡虫) or ②软体动物门(eg.海兔、扇贝、章鱼) or③后口动物(eg.海参、猫咪及其奴隶) or④比这更奇葩???维基之:Xenoturbella,另外参见有点旧了的中文版】

最开始以为它是一种生物学家们喜闻乐见的新奇的涡虫啦,而且像个粉袜子一样……

cnn.co.jp 的页面【侵删】比如这货↓

然后大家觉得不太对呀,就测了一下,然后,发现它居然是软体动物门的!结构对不上啊!!!

再研究研究……发现果然,测序样品里混进了奇怪的东西,因为它是吃软体动物的卵的……去掉污染再测,结果奇葩了,它就是它,谁也不是。于是妥妥单列一个门:异涡动物 Xenoturbellida

那么问题来了,这个门跟谁比较近呢?答案竟是后口动物!比如:海参,海鞘,文昌鱼,武昌鱼,猫咪等……

事情到这里就已经很戏剧化了,但是……

2016 年!新论文说,测序的结果是这个样子的:1.它跟另一类非常奇葩、以前也曾被当成一类涡虫的小东西:无腔动物门 Acoelomorpha 聚在一起,比如这个↓ Symsagittifera_roscoffensis

聚在一起(叫 Xenacoelomorpha“异无腔动物”)之后,它们或者是“原口动物”的姊妹群,或者是“原口动物 + 后口动物”的姊妹群。哎!跟说好的又不一样了!如果真的是原口动物的姊妹群的话还比较好理解,如果真的是“原口动物 + 后口动物”的姊妹群的话那是什么意思?两侧对称动物就会变成三分天下了:原口 + 后口 + 异无腔。不过变来变去的也好几次了,相信这个结果还是会变的,不负责任地猜测一下,应该是深深插进原口里的一个较早分出的枝吧……

PS:听说还得解释一下“原口 vs 后口”?段乎体之:

1.自古,两侧对称动物(就是现存的除了海绵宝宝及其水母(刺胞动物),和栉水母这三大门以及丝盘虫这个小奇葩之外【“中生动物”有争议,我们按下不表】之外的所有真正的动物)分成了两大派系

2.一派,把蟹老板当嘴的那个眼儿当 asshole……

3.另一派,把派大星拿来当 asshole 的那个眼当嘴……

4.我们跟派大星是一伙儿的,

5.因此,我们指着小龙虾说:“你们是虫子……”;然后,小龙虾派出了三体人……海绵宝宝及其水母免于这场无谓的纷争。


我最不想补充的一个答案:也许出了个大事,现在不想多打字,各位请顺链接去看吧……

可能是最近一次“灭门”(撤销整个生物“门”的建制)吧,基因研究推翻了大概在此一年之前的轰动世界的形态学研究。

如果你是个生物学爱好者,那么这件事你大概会知道:Dendrogramma(“树状动物”)被发现,并且研究称可能是“埃迪卡拉生物群”的最后孑遗,真是吓死个人啊!!!

请看果壳网的报道:树状动物:揭示多细胞动物起源的新物种

wikimedia 的图,侵删:)

当时知道这个消息,我那个激动!但当时我也留了个疑问,这些标本无法进行 DNA 测序(简单地说,因为泡得太久坏掉了),所以这么惊天动地的推测全靠形态学研究。因此心里隐隐留下了一丝担心。从那以后,我就常常想起这种神奇的“拉撒路物种”,心想着什么时候新鲜的标本能被再次捞到,被测序研究,解开这个谜团。

时间就这样过去了。直到昨天,我又想起了这回事,然后,世界又变了,再次彻底变了:

一句话:真的又捞到了“树状动物”,(图见下,来源链接同下“外媒报道”,侵删)

真的测序了,结果真的不是新的门,真的不是埃迪卡拉生物群的孑遗分子,而是一种——管水母——的“苞片”!!!

外媒报道:

Origin of mystery deep-sea mushroom revealed

下面这个链接可以下论文哦,自己看吧……

researchgate.net

这么大的事,国内没有再报道……这就好比说:

地球上发现“三体人”了!!!全球媒体争相报道,各种嗨皮的评论都有~~~

最后证实:不是“三体人”,而是一种新的人类疾病案例。结果没人报道……

然后地球上的人类还停留在以为发现了“外星人”的认知与心态之中……

我完全理解,这真的不是造谣,而是科研,科研当然可以出错了,从形态学出发,搞出个大新闻来,也就是手高手低的事,如果做得太保守了一些,就没有圈外人士会去关注这些冷门的科研了,不是么?

但是跟进最新科研的报道难道不也是科普所必须的吗?否则就不是科普了,而是志怪。

我真的不是搞生物的,所以请别说“你怎么不写呢!”,我之前真的不知道啊!!!


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